當碳水化合物以共有序列天冬酰胺-X-絲氨酸/蘇氨酸連接到天冬酰胺上時，就會發生N-糖基化，其中X是脯氨酸以外的任何氨基酸。當表達的蛋白在細胞內質網中合成時，發生了預先形成的脂質固定保守聚糖的整體轉移。當合成的蛋白質通過高爾基體進入時，保守的N-連接的glyan被酶（糖苷酶和糖基轉移酶）“加工"。這些加工酶的存在，它們的相對水平以及蛋白質上糖基化位點對這些酶的可及性決定了蛋白質的最終糖基化類型。O-糖基化發生在氨基酸絲氨酸和蘇氨酸上，但不符合線性共有序列。有一些控制該過程的規則，如：糖基化區域內經常有附近的脯氨酸氨基酸，絲氨酸和茶氨酸的串聯重復很常見。

一、N-聚糖

        分析N-聚糖分析是最-活躍的研究領域。適用于N-糖基化分析的技術也適用于O-糖基化。哺乳動物中最-豐富的N-聚糖結構是復雜類型，其中許多N-乙酰氨基葡糖結構被附加到分子上，并與半乳糖，巖藻糖和唾液酸殘基一起延伸，形成兩個至四個觸角結構。確切的結構反映了表達過程中所用細胞類型中存在的酶的性質，以及細胞所處的精確環境。國際協調會議（ICH）質量指南Q6B描述了應針對這些結構進行的分析類型，以了解存在的不同類型單糖的量，聚糖的觸角分布特性和連接性每個結構中的單糖含量，以及蛋白質骨架上不同糖基化位點的聚糖結構。

二、詳細信息的分析過程：

       糖基化的分析涉及許多物理和酶促步驟，以釋放聚糖，然后將它們與肽和混合物中存在的任何O-糖肽分開。O-聚糖可以從O-糖肽中化學釋放，并與其余肽鏈分開純化。然后對分離的N-聚糖和O-聚糖進行全甲基化衍生，使它們可以使用基質輔助激光解吸電離質譜法（MALDI-MS）分析。也可使用色譜分析樣品。如，帶有脈沖安培檢測（HPAEC-PAD）的高pH陰離子交換色譜法可用于分析N-聚糖。該法在三種制劑中提供了一致的數據，代表2、3和4個唾液酸化聚糖的一系列簇峰。該分析根據所產生的產物給出了一些結構信息，而對于聚糖的確切性質卻給出的信息很少。因此，像這樣的技術對于比較工作很有用，但沒有提供太多表征分子的結構信息。

三、使用質譜表征

       前述的過甲基化方法允許在非衍生化狀態下分離具有相似質量的聚糖。如：兩種聚糖-具有相同的結構，除了一個包含一個N-乙酰神經氨酸（唾液酸）殘基，另一個包含兩個巖藻糖殘基-在天然狀態下，分子量僅相差1Da，但當相差13Da時，具有相同的結構衍生化。基質輔助激光解吸電離質譜（MALDI-MS）分析可得出存在的聚糖的總體概況。使用光譜分析的峰（質量），結合對N-聚糖，核心結構和存在的生物合成途徑的了解，可以得出聚糖單糖的組成。

接下來，可使用電噴霧質譜（ES-MS）裂解過甲基化的聚糖。斷裂路徑是明確定義的，根據斷裂發生的位置產生特定質量。該過程取決于N-聚糖結構的確切性質，因此這些片段的質量允許確定存在于聚糖上的觸角結構。表征的最后一步是確定結構中任何連接的立體特異性，其中數據表明可能存在潛在的免疫原性表位。用特定的糖苷外切酶處理聚糖并通過MS暴露前和暴露后進行分析可以通過顯示孵育后的質量轉移來確認存在α-連接的半乳糖。

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